Herstellung von Fluoreszenz-markierten Arrestin-Varianten zum Funktionsnachweis rekombinanter G-Protein-gekoppelter Rezeptoren
- Art: Diplomarbeit
- Autor: Alexander Bepperling
- Abgabedatum: Juli 2006
- Umfang: 84 Seiten
- Dateigröße: 2,6 MB
- Note: 1,0
- Institution / Hochschule: Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg Deutschland
- Bibliografie: ca. 67
- ISBN (eBook): 978-3-8324-9893-1
-
ISBN (Paperback) :
978-3-8324-9893-1 P - ISBN (CD) :978-3-8324-9893-1 CD
- Sprache: Deutsch
- Prämierung:
- Arbeit zitieren: Bepperling, Alexander Juli 2006: Herstellung von Fluoreszenz-markierten Arrestin-Varianten zum Funktionsnachweis rekombinanter G-Protein-gekoppelter Rezeptoren, Hamburg: Diplomica Verlag
- Schlagworte: Biotechnologie, Biochemie, Rezeptor, BIACORE, Fermentation
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Diplomarbeit von Alexander Bepperling
Zusammenfassung:
In der vorliegenden Arbeit wurden Fluoreszenz-markierte Arrestin-Varianten hergestellt, die in einem geplanten, auf FRET basierenden Funktionstest für rekombinante renaturierte G-Protein-gekoppelte Rezeptoren (Glukagon like peptide-1-Rezeptor (GLP-1-Rezeptor) und Parathormon-Rezeptor (PTH-Rezeptor)) eingesetzt werden können.
Die in der Literatur beschriebene Expression und Reinigung des Arrestins konnte für die Mutante Arrestin2 (1-382) erfolgreich nachvollzogen werden. Durch eine aufeinander folgende Heparin- und Q-Sepharose-Chromatographie wurde das Protein mit der erwateten Reinheit und Ausbeute gewonnen.
Diese Mutante bindet mit hoher Affinität den aktivierten, aber unphosphorylierten Rezeptor. Hierdurch wird der geplante FRET-assay bedeutend vereinfacht, da weder ATP noch eine G-Protein-gekoppelte Rezeptor-Kinase benötigt werden. Es wurden Reaktionsbedingungen gefunden, die zu einer äquimolaren Markierung des sieben Cystein-Reste enthaltenden Arrestin2 mit einem Fluoreszenzfarbstoff führten, wenngleich es nicht gelang, die Verteilung des Modifikationsgrades zu ermitteln.
Durch Auswahl eines geeigneten Stammes und Fermentation bei 10 °C wurden erstmals größere Mengen der Fusionsproteine Arr2-L-EGFP und Arr2-L-EYFP löslich in E.coli exprimiert.
Nach anfänglichen Schwierigkeiten bei der Verwendung des etablierten Protokolls und zwischenzeitlichen Reinigungsversuchen mit der hydrophoben Interaktionschromatographie (HIC) gelang es, diese hydrophoben, zur Aggregation neigenden Proteine durch Abwandlung des etablierten Reinungsprotokolls zu isolieren.
Die sehr geringe Ausbeute führte zu der Überlegung, die Reinigung durch Anfügen eines His-tags an beide Fusionsproteine zu erleichtern. Nach der erfolgreichen Klonierung der beiden His-tag-Konstrukte wurden diese in Schüttelkulturen exprimiert und mittels IMAC gereinigt.
Die Ausbeute und die Reinheit beider Varianten blieben hinter den Erwartungen zurück. Versuche, diese Parameter durch den Zusatz verschiedener Additive zu verbessern, waren erfolglos. Die Bindungsaktivität des Arrestin2, des AEDANS-markierten Arrestin2 und der beiden Fusionsproteine mit und ohne His-tag wurde durch biomolekulare Interaktionsanalyse (BIACORE) nachgewiesen.
Eine eindeutige Bestätigung dieser Messungen durch die Isotherme Titrationskaloriemetrie ITC) gelang aufgrund von Substanzmangel und des hohen KD-Wertes der untersuchten Bindungsreaktion nicht.
Inhaltsverzeichnis:
| Inhaltsverzeichnis | ||
| 1. | Einleitung | 4 |
| 1.1 | Interzelluläre Kommunikation | 4 |
| 1.2 | G-Protein-gekoppelte Rezeptoren | 4 |
| 1.3 | GPCR-Signaltransduktion | 6 |
| 1.4 | Desensitisierung und Internalisierung von GPCR | 7 |
| 1.5 | Die Familie der Arrestine | 9 |
| 1.6 | Parathormon- , Glucagon-like-Peptide-1-Rezeptor und ihre Liganden | 11 |
| 1.7 | Fluoreszierende Proteine | 14 |
| 1.8 | Ziel dieser Arbeit | 15 |
| 2. | Material und Methoden | 18 |
| 2.1 | Material | 18 |
| 2.1.1 | Chemikalien | 18 |
| 2.1.2 | Standards und Kit-Systeme | 19 |
| 2.1.3 | Enzyme und Antikörper | 19 |
| 2.1.4 | Chromatographiematerial, Säulen und sonstige Materialien | 19 |
| 2.1.5 | Oligodesoxynukleotide | 19 |
| 2.1.6 | Peptide | 20 |
| 2.1.7 | Organismen und Plasmide | 20 |
| 2.1.8 | Medien, Antibiotika und Puffer | 20 |
| 2.1.9 | Technische Geräte und Anlagen | 24 |
| 2.2 | Methoden | 25 |
| 2.2.1 | Molekularbiologische Methoden | 25 |
| 2.2.1.1 | Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) | 25 |
| 2.2.1.2 | Restriktionsverdau | 26 |
| 2.2.1.3 | Reinigung von DNA-Fragmenten | 27 |
| 2.2.1.4 | Ligation | 27 |
| 2.2.1.5 | Elektrotransformation von E. coli | 28 |
| 2.2.1.6 | Plasmidisolierung | 28 |
| 2.2.1.7 | Sequenzierung | 29 |
| 2.2.2 | Proteinexpression und Zellaufschluss | 29 |
| 2.2.2.1 | Bakterienkultivierung im Schüttelkolben | 29 |
| 2.2.2.2 | Fed-Batch-Fermentation | 29 |
| 2.2.2.3 | Expressionstest | 30 |
| 2.2.2.4 | Zellaufschluß durch Hochdruckdispersion | 30 |
| 2.2.3 | Proteinchemische Methoden | 31 |
| 2.2.3.1 | Bestimmung der Proteinkonzentration | 31 |
| 2.2.3.2 | TCA-Fällung | 31 |
| 2.2.3.3 | SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese | 32 |
| 2.2.3.4 | Western-Blot | 33 |
| 2.2.3.5 | Ammoniumsulfatfällung | 33 |
| 2.2.3.6 | Heparin-Sepharose-Chromatographie | 34 |
| 2.2.3.7 | Ultrafiltration | 34 |
| 2.2.3.8 | Dialyse | 34 |
| 2.2.3.9 | Anionenaustausch-Chromatographie | 35 |
| 2.2.3.10 | Hydrophobe Interaktionschromatographie (HIC) | 35 |
| 2.2.3.11 | Immobilisierte Metallionen-Affinitätschromatographie (IMAC) | 35 |
| 2.2.3.12 | AEDANS-Modifikation | 35 |
| 2.2.3.13 | Gelfiltration (NAP-5) und Bestimmung des Modifizierungsgrades | 36 |
| 2.2.3.14 | High performance liquid chromatography (HPLC) | 36 |
| 2.2.3.15 | Synthese des V2R-Peptids | 37 |
| 2.2.4.1 | Oberflächenplasmonresonanz (SPR, BIACORE) | 37 |
| 2.2.4.2 | Isotherme Titrationskalorimetrie (ITC) | 38 |
| 2.2.4.3 | Massenspektrometrie | 38 |
| 3. | Experimente und Ergebnisse | 39 |
| 3.1 | Expression und Reinigung von Arrestin2 | 39 |
| 3.2 | Auswahl des Expressionsstamms für die Expression der Fusionskonstrukte | 41 |
| 3.3 | Expression und Reinigung der Fusionsproteine | 43 |
| 3.4 | Klonierung der His-tag-Konstrukte | 48 |
| 3.5 | Expression und Reinigung der His-tag-Fusionsproteine | 50 |
| 3.6 | AEDANS-Modifikation von Arrestin2 | 53 |
| 3.7 | Aktivitätstest (Biacore / ITC) der Arrestin-Varianten | 55 |
| 4. | Diskussion | 58 |
| 4.1 | Expression und Reinigung von Arrestin2 | 58 |
| 4.2 | Auswahl des Expressionsstamms für die Expression von Arr2-L-EGFP und Arr2-L-EYFP | 59 |
| 4.3 | Expression und Reinigung der Fusionsproteine | 61 |
| 4.4 | Klonierung der His-tag-Konstukte | 65 |
| 4.5 | Expression und Reinigung der His-tag-Konstrukte | 66 |
| 4.6 | Chemische Modifikation des Arrestin2 | 67 |
| 4.7 | Der Einsatz der fluoreszenzmarkierten Arrestin2-Varianten im Rahmen des geplanten FRET-assays | 69 |
| 4.8 | Funktionsnachweis der gereinigten Arrestin-Varianten | 72 |
| 4.9 | Ausblick | 73 |
| 5. | Zusammenfassung | 75 |
| 6. | Anhang | 76 |
| Abkürzungsverzeichnis | 76 | |
| Vektorkarten | 77 | |
| Literaturverzeichnis | 79 |
unternommen. Getestet wurden Butyl-, Octyl- und Phenyl-Sepharose bei drei pH-Werten (7,0; 7,5; 8,0) und drei Ammoniumsulfat-Konzentrationen (1M; 1,2 M; 1,7 M) im Bindungspuffer. Das beste Ergebnis wurde mit Phenyl-Sepharose bei pH 7,0 und 1,2 M (NH4)2SO4 im Bindungspuffer erzielt.Hierzu wurden 4 g des (NH4)2SO4–Präzipitats in 50 ml HICBindungspuffer (1,2 M Ammoniumsulfat, 2 mM EDTA, 2 mM EGTA, 50 mM K2HPO4 pH 7,0) gelöst, filtriert und eine Stunde bei 20 000 g zentrifugiert. Die Zunahme der Ammoniumsulfatkonzentration durch Auflösen des (NH4)2SO4–Präzipitats im Bindungspuffer wurde mittels Refraktometer auf weniger als 50 mM bestimmt und konnte daher vernachlässigt werden. 3 ml Phenyl-Sepharose wurden mit HIC-Bindungspuffer äquilibriert und mit dem Überstand beladen. Nach dem Waschen mit vier Säulenvolumen Bindungspuffer erfolgte die Elution manuell in einem Stufengradienten in 100 mM-Schritten (1,2 M -0 M (NH4)2SO4). Die Reinigung ist hier am Beispiel von Arr2-L-EYFP dokumentiert (Abb. 16). Die EGFP-Variante konnte in derselben Qualität gereinigt werden (nicht gezeigt). [...]
Ausgehend von den Erkenntnissen bei der Stammauswahl, wurden für die Expression der Fusionsproteine Bedingungen gewählt, bei denen die Expressionsrate erheblich herabgesetzt war. Neben einer deutlich niedrigeren Kultivierungstemperatur sollte eine frühe Induktion mit einer ITPG-Konzentration von 20 µM statt 1 mM zu einer erhöhten Ausbeute an löslichem Protein führen. Um dennoch bei der dann zu erwartenden geringen Gesamtausbeute eine ausreichende Menge an Protein zu erzeugen wurde eine Fed-Batch-Fermentation in einem 10 Liter-Fermenter durchgeführt (Abb. 12). Das Kulturvolumen einschließlich feeding betrug 4 l. Nach dem Animpfen mit einer 160 ml-Vorkultur wuchsen die Zellen bei 30 °C bis zu einer OD600 von 15 und es wurde mit der Zufütterung (feeding) begonnen. Bei Erreichen der OD600 von 25 wurde die Temperatur auf 4 °C abgesenkt, die Kultur durch 20 µM IPTG induziert und 38 Stunden später durch 20minütige Zentrifugation bei 5000 g geerntet. [...]
Abbildung 10: Expressionstest von Arr2-L-EGFP in BL21 und BL21 c+ M : Proteinmarker; v.I.: vor Induktion; Zeitangaben : Stunden nach Induktion Die beiden durch Pfeile gekennzeichneten Banden markieren die bereits eine Stunde nach Induktion auftretende Proteinbande bei ca. 70 kDa, dem errechneten Molekulargewicht des Fusionsproteins. Die Expression in BL21 c+ ist etwas effizienter als in BL21. Daher fiel die Wahl auf E.coli BL21 c+ als Expressionsstamm für alle weiteren Versuche. In beiden Stämmen liegt das Protein fast ausschließlich in unlöslicher Form (Abb. 11) vor. Auch eine Absenkung der Kultivierungstemperatur von 30 °C auf 25 °C (hier nicht gezeigt) führte zu keiner Verbesserung der Ausbeute. [...]
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Link zur Arbeit:
http://www.diplom.de/ean/9783832498931
Arbeit zitieren:
Bepperling, Alexander Juli 2006: Herstellung von Fluoreszenz-markierten Arrestin-Varianten zum Funktionsnachweis rekombinanter G-Protein-gekoppelter Rezeptoren, Hamburg: Diplomica Verlag
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